İşgale karşı Milli Mücadele ise derhal harekete geçmiş ve Mustafa Kemal Paşa bütün vali, komutanlara ve Müdafaa-i Hukuk heyetlerine yayınladığı genelge ile; “İtilaf devletleri tarafından silahlı çarpışma sonunda, İstanbul’un işgali zorla gerçekleştirilmiştir. Bu suikasttan yararlanarak hainlik düşünen birçok kimsenin milleti aldatmaya kalkışmaları muhtemeldir. Nitekim resmi bildiriler şeklinde imzasız bazı bildirilerin yayınlanmak istendiğini öğreniyoruz. Yanlış hareketlere yer verilmemek ve gerçek duruma ters düşen heyecanlar oluşturmamak bakımından, bu gibi bildirilere asla değer verilmemesi gerekir. Gerçek durumu izleyen Anadolu ve Rumeli Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti, milleti aydınlatacaktır” sözleri ile Türk halkına işgalin kabul edilmeyeceğini belirtmiştir. Aynı gün İtilaf ve tarafsız yabancı devletlerin dışişleri bakanlıkları ve millet meclis başkanlıklarına, işgali protesto ettiğini içeren mesajlar göndermiştir.
Manastırlı Hamdi Efendi, Mustafa Kemal Paşa’ya son çektiği telgrafta; “Harbiye telgrafhanesini İngiliz askerleri, işgal edip telgraf teli kestikleri gibi Tophane’yi işgal ediyorlar ve zırhlılardan asker çıkarılıyor. Durum ağırlaşıyor ve sabahki çarpışmada 6 şehit, 15 yaralımız var” sözleri ile işgalin boyutunu anlatmıştır.
İngilizler, 16 Mart sabahı direnişi kırmak için Türklere çok sert davranmış, uykudaki askerlerimizi bile şehit etmişlerdir. İngilizler, çok sayıda asker karaya çıkarılarak ilk iş olarak Milli Savunma Bakanlığını ve bilahare, resmî daireleri fiilen işgal edilmeye, karakollar basılmaya başlanmıştır. 16 Mart 1920’de, Meclis-i Mebusan basılmış ve dağıtılmış, 11 Nisan 1920’de bir kez daha ve son kez resmen kapatılmıştır. Halkın seçmiş olduğu milletvekillerini yerlerde sürükleyerek götürmüş ve bazılarını tutuklamışlardır. İngilizler, Milli Mücadele’yi engellemek için milletvekili, asker ve sivil 145 Türk aydınını tutuklayıp Akdeniz’in ortasındaki Malta adasına sürgün etmişlerdir.
İstanbul’da bunlar yaşanırken Anadolu’da ise Milli Mücadele zafere ulaşmış, sonra 9 Eylül 1922’de İzmir ve 18 Eylül 1922’de Batı Anadolu işgalden kurtarılmıştır. Türk ordusunun İzmir’e girmesinden sonra Fahrettin Paşa komutasındaki 5. Süvari Kolordusu İtilaf devletleri kontrolündeki tarafsız bölgeye doğru ilerlemeye başlamıştır. Bunun üzerine müttefik kuvvetlerde bulunan Fransız ve İtalyan birlikleri derhal geri çekilmiştir. İngiltere, Ankara Hükümeti ile anlaşma yolları aramaya başlamıştır. Ancak Ankara Hükümeti, İstanbul ve Çanakkale boğazlarının denetimini istemiştir. İngiltere Başbakanı Lloyd George, bu istekleri reddetmiş ve birliklere savaş pozisyonu alması emrini vermiştir. Türk birlikleri, İngiliz direnişi ile karşılaşmadan tarafsız bölgeye girerek Çanakkale Boğazı’na doğru ilerlemeye başlamıştır. Türklerle savaşılmasını istemeyen Winston Churchill’in başını çektiği bir grup bakan istifa etmiştir. 23 Eylül’de, Türk orduları Gelibolu-Lapseki’yi kurtarmış ve İngiliz birlikleri geri çekilmek zorunda kalmıştır. Böylece zafere ulaştığımız anlaşma olan 11 Ekim 1922’de Mudanya Ateşkes Antlaşması ile İstanbul, Boğazlar Bölgesi, Edirne ve Doğu Trakya’nın Türkiye’ye teslim edilmesine karar verilmiştir.
