Mondros Mütarekesi sonucu Medine’ye İngilizlere ve isyancı güçlere teslim etmek mecburiyetinde kalan "Çöl Kaplanı" veya "Medine Müdafii" olarak da bilinen Fahrettin Paşa gözyaşları içinde "Vallahi Fahreddin sözünde durdu ya Resulallah, ben teslim olmuyorum, bunlar götürüyor!" demişti.
O Fahrettin Paşa ki, günlerce aç susuz kalmalarına rağmen Medine’yi 2 yıl7ay boyunca kahramanca savundu.
Fahreddin Paşa'nın savunduğu Medine dışındaki hemen bütün büyük merkezler asilerin eline geçti. Bu sırada Kanal Harekâtı bütün şiddetiyle devam ettiğinden Hicaz'a asker gönderilemiyordu.
Medine'yi savunabilmek için İstanbul'dan devamlı takviye kuvveti isteyen Fahreddin Paşa'ya Osmanlı hükümeti, isteklerine cevap verebilecek durumda olmadığını bildiriyordu. Fahreddin Paşa, 15 Temmuz 1916'da yeni birliklerle takviye edilen Hicaz Kuvve-i Seferiyyesi kumandanlığına atandı. Mekke Valisi Galib Paşa'nın tedbirsizliği sebebiyle asiler 9 Haziran'da genel saldırıya geçerek 16 Haziran'da Cidde'ye, 7 Temmuz'da Mekke'ye, 22 Eylül'de de Taif'e girdi.
Medine Kalesi'nden Türk bayrağını ben kendi elimle indiremem
O dönemin güç şartlarına rağmen Fahreddin Paşa şehrin müdafaasını sürdürdü. Kuşatmadan önce kaleyi tahliye etmesini teklif eden İstanbul hükümetine, "Medine Kalesi'nden Türk bayrağını ben kendi elimle indiremem, eğer mutlaka tahliye edecekseniz buraya başka bir kumandan gönderin." şeklinde cevap verdi.
2 yıl 7 aylık destansı Medine Müdafaası ile tanınan "Çöl Kaplanı" Fahreddin Paşa, kutsal emanetlerin İstanbul'a gönderilmesine öncülük etti. Medine'nin teslim edilmesine yönelik isteklere cevap vermeyen Paşa, "Rüyamda efendimizi gördüm, benden söz aldı burayı terk edemem" dedi. Bir sabah namazında, kendi askerlerinin Mescid-i Nebevi'ye düzenlediği baskınla derdest edilen Fahreddin Paşa'nın "Kılıcımı alın anamız Hz. Fatıma'nın başına koyun. Vallahi Fahreddin sözünde durdu ya Resulullah! Ben teslim olmuyorum, bunlar götürüyor" diye gözyaşı döktüğü tarihçiler tarafından naklediliyor.
Osmanlı Devleti mağlup oldu ve 30 Ekim 1918'de Mondros Mütarekesi'ni imzaladı. Mütarekenin 16. maddesine göre teslim olması gereken Fahreddin Paşa bunu kabul etmedi. İstanbul Hükümeti'nin Mondros Mütarekesi'ni tebliğ etmek üzere gönderdiği yüzbaşıyı hapsederek İstanbul'u cevapsız bıraktı.
Fahreddin Paşa, bir yandan İngilizlerin bir yandan Medine'yi kuşatmış Şerif Hüseyin'in kuvvetlerinin Medine'nin bir an önce teslim edilmesi isteklerine karşılık vermedi. Babıali, İngilizlerin de baskısı üzerine bu defa padişahın imzasını taşıyan bir teslim emrini Adliye Nazırı Haydar Molla ile Medine'ye gönderdi. Fahreddin Paşa bu emri de dinlemedi. Askerlerin çoğunun hasta olmasına, cephane, ilaç ve giyecek stoklarının bitmesine rağmen direnmeye devam etti. Ancak sonunda kendi subaylarının da baskısı ile teslim olmaya rıza gösterdi.
Ben rüyamda peygamber efendimizi gördüm
Ömer Fahreddin Paşa'nın Medine Müdafaası sırasında hem İngilizlere hem de Şerif Hüseyin'e "Ben rüyamda peygamber efendimizi gördüm. Bana asla burayı terk etmemem için söz aldı. Bu yüzden ben şahsen burayı terk edemem" şeklinde cevap verdiği kaynaklarda yer alıyor.
Teslimiyet Süreci: Mondros Ateşkes Antlaşması'nın ardından Osmanlı hükümeti şehri tahliye etme kararı alsa da, Fahreddin Paşa Kutsal Emanetler'in İngilizlerin eline geçmesini önlemiş ve açlığa, hastalıklara rağmen Medine'yi teslim etmeyi reddetmiştir.
Esaret: Kendi subayları tarafından, Medine halkı ve askerlerin daha fazla zarar görmemesi adına zor ikna edilmiş; tutuklanarak İngilizler tarafından Mısır'a ve ardından Malta'ya sürgün edilmiştir.