Muradiye Camii‘nin tarihiyle ilgili olarak kaynaklar şu ayrıntıyı özellikle dile getirirler: Şehzade Murad, bugünkü camiin bulunduğu alana, tarihi tam olarak bilinmemekle birlikte, tahta çıktığı 1574‘ten hemen önceki yıllarda bir camii inşa ettirmiş, sonra da padişah olarak İstanbul‘a gitmiştir. Fakat, Manisalılar bu camiin küçük olduğunu, cemaate yetmediğini görünce, genişletilmesini talep etmişlerdir. Talep karşılanır ve küçük camiin büyütülmesi çalışmalarına başlanır. Bu çalışmalar sırasında cami tamamen yıkılınca, III. Murad yeni bir camii için harekete geçer ve plânlarını Mimar Sinan‘a çizdirir.
Mimar Sinan‘ın bu iyice yaşlandığı yıllardır. Onun, dünya gözüyle göremeyeceği bu eserinin inşasını İstanbul‘dan yönettiği, inşanın başında da kendi yetiştirdiği talebelerinin bulunduğu belirtilir. Bu bağlamda, ileride klâsik Osmanlı mimarisinin en süslü eserleri arasında yer alacak olan Muradiye Camii‘nin inşasında, önce Mimar Mahmud Ağa‘nın, onun ölümü üzerine de Mimar Mehmed Ağa‘nın görevlendirildiğini görüyoruz. Böylece, inşasına 1583-85‘te yeniden başlanan cami, 1592‘de bugünkü şekliyle tamamlanmıştır. Bugün bütün bu bilgileri Hazine-i Evrak kayıtları, Naima Tarihi ve III. Murat‘ın 1585 tarihli bir fermanı ile doğrulayabilmekteyiz.Bu arada, 1592‘de yapımı biten Muradiye Külliyesi‘nin bünyesini cami, medrese, imaret ve dükkânlar oluşturmuştur. Külliyeye 1812‘de Karaosmanoğlu Hüseyin Ağa tarafından bir de kütüphane ve 20. Yüzyılın ortalarında bir şadırvan eklenmiştir.