Üzerinde tarih kitâbesi bulunmayan bu yapının, yine tarihi bilinmeyen vakfiyesinden yola çıkılarak, bir sıbyan mektebi ve çeşmeyle birlikte, küçük bir külliye halinde inşa edildiği anlaşılmaktadır. Tarihsiz vakfiyesi Kanunî Sultan Süleyman‘ın vefatından (1566) sonra tescil edildiğinden, mescidin daha önceki zamanlarda yaptırıldığı zannedilmektedir. Bununla birlikte, bugün pek çok kaynakta 1573 tarihi zikredilmektedir.
Mescidin, bizzat Mimar Sinan tarafından, kendi hayratı olarak yaptırıldığı tartışmasız bir şekilde kabul edilmektedir. Bu konuda vakfiyenin dışında da deliller vardır. Mesela, tezkirelerin hepsinde bu mescidin Mimar Sinan‘ın eseri olarak gösterilmektedir. Sözgelimi Tezkiretü‘l-Ebniye‘deki "Yenibahçe kurbinde bu fakirin mescidi" ve Tezkiretü‘l-Bünyan‘daki "Yenibağçe‘de bu fakirin mescidi" şeklindeki kayıtlar örnek verilebilir. Bu doğrultudaki kayıtlara eserin vakfiyesinde "... kendüye mensub mahallede... bina itdüği mescid-i şerif ve mabed-i münifi... ve mekteb-i lâtifi... ve kendi mahallesinde mescidi kurbinde bina olunan çeşmeye..." şeklinde tesadüf olunmaktadır. Evliya Çelebi Seyahatnamesi‘nde de mescidin adı aynı şekilde geçmektedir.
