Ergenekon ana davasıyla birleştirilen Danıştay saldırısı ve Cumhuriyet gazetesi binasının bombalanması olaylarıyla ilgili çok sayıda araştırma talebinde bulunuldu.
Savcı Mehmet Ali Pekgüzel, ilk olarak Danıştay saldırısı sanığı Alparslan Arslan‘ın Adli Tıp Kurumu‘na gönderilerek şimdi ya da daha önce uyuşturucu veya kimyasal madde alıp almadığının, aldıysa bu maddenin kendisinin ayırt etme gücünü etkileyip etkilemediğinin tespit edilmesini talep etti.
Alparslan Arslan‘ın babası İdris Arslan, daha önceden basına yaptığı bir açıklamada, "Acaba oğluma zihin yönlendirilmesi mi yapılıyor? Davranışlarının kontrollü olmadığını görüyorum. Bu konu araştırılmalı" şeklinde beyan vermişti. Süleyman Esen‘in avukatı Mehmet Taşdelen de, "Adli Tıp‘ta Alparslan‘dan tetkik için 100 ml kan alınması gerekirken 38 ml kan alınmış. Bu miktar yeterli olmadığı için Adli Tıp kimyasal test yapamıyor. Bu bir karartma değil midir?" ifadelerini kullanmıştı.
