Darbe planlarının ortaya çıkması ve Emaysa Protokolünün bu planlara gerekçe gösterilmesi üzerine konuyu gündeme getiren Başbakan Erdoğan‘ın bu protokolün kaldırılacağı yönünde açıklamalarda bulunmuştu.
Ancak AKP İstanbul Milletvekili 1997 yılında EMASYA protokolünün kendisi döneminde imzalandığını, bugün olsa yine aynı yetkiyi vereceğine dair açıklamada bulundu. TBMM Genel Kurul toplantısında TSK deniz unsurlarının, Aden Körfezi, Somali karasuları ve açıkları, Arap Denizi ve mücavir bölgelerdeki görev süresi 10 Şubat 2010‘dan itibaren 1 yıl daha uzatılması tezkeresinin görüşülmesi esnasında yöneltilen soruya cevap veren 55. Hükümetin ANAPlı İçişleri Bakanı ve halen AKP İstanbul Milletvekili olan Murat Başesgioğlu, EMASYA Protokolünün kendisi döneminde imzalandığını, ancak altında kendisinin değil bakanlık Müsteşarı Teoman Ünüsan‘ın imzası bulunduğunu söyledi. Bugün olsa yine aynı protokolün imzalanması için yetki vereceğini bildiren Başesgioğlu şunları söyledi: "EMASYA planları, benim 7 günlük bakanken önüme getirilen bir konudur. Ama burada sorumluluğu bürokratlara havale etmiyorum. O günkü şartlar içerisinde bu konu gözden geçirilmiştir. Birbiriyle görüşmeyen, yardımlaşmayan, istihbarat paylaşmayan, operasyon yapmayan güvenlik güçlerini birlikte çalıştırmanın modelidir. O günün şartları içinde yine bu plan gelseydi müsteşara yine yetki verirdim. Güvenlik güçleri, birlikte sırt sırta mücadele edecekler. Lütfen EMASYA Protokolünü okuyun, ondan sonra değerlendirmenizi yapın."